根据乾隆帝的指示，1792－1793年，大将军福康安与孙士毅、惠龄、驻藏大臣和琳等经过长期酝酿，拟订了有关治理西藏各方面的章程，并报经中央政府核准颁布实施，其中关于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《钦定藏内善后章程》二十九条（藏文本）。

清朝乾隆帝颁布的“钦定藏内善后章程二十九条”文书

　　章程的要点是：

    1、行政人事权方面，规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅平等。所有噶伦以下的首领及办事人员、管事僧人皆是隶属关系，事无大小，都得禀明服从驻藏大臣办理。噶伦、代本的任免升迁，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拟写两份名单，呈报大皇帝选择任命。其余前藏大小文武官员由驻藏大臣和达赖喇嘛委任，发给满、汉、藏三种文字执照。后藏官员依照前藏之制，由驻藏大臣和班禅协商委任，发给执照。

    2、宗教监管理权方面。设置“金奔巴瓶”，嗣后达赖喇嘛、班禅及藏区各地呼图克图“灵童”的认定，须由驻藏大臣监督主持，将其名字生辰年月，以满、汉、藏三种文字书于象牙签牌上，然后置于金瓶内当众掣出，报请中央政府正式批准。藏地各大寺院活佛人选，由达赖喇嘛、驻藏大臣及呼图克图认定，并发给盖有以上三人印章执照。青海蒙古王公迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣发给通行护照。赴外地朝佛僧侣，亦需领取护照，始得通行。如若私自前往，一经查出，惩处该管堪布及札萨等主管人员。达赖喇嘛所辖寺庙之活佛、喇嘛及全藏各呼图克图所属寨落人户，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖喇嘛处各存一份。

    3、军事方面。设三千名正规军队，前后藏各驻一千名，江孜、定日各驻五百，兵员由全藏征调。所征兵员造册两份，各存驻藏大臣衙门及噶厦。代本、如本、甲本、定本由驻藏大臣并达赖喇嘛择选年轻有为者充任，并发给执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏并检阅军队。军队粮饷由地方政府筹办，交驻藏大臣分春秋两季发给。军队所需弹药，由噶厦派人携带驻藏大臣衙门公文，赴工布地方制造下发。

    4、司法方面。对于一般案件的处理，“可以缘依旧规，但需分清罪行之大小轻重，秉公办理”。处罚犯人、没收财产等，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门或报经驻藏大臣审批，始能处理。各地汉官、噶伦和宗本等，如有依仗权势，无端侵占别人财产，欺压或剥削人民事情，即可报告驻藏大臣予以查究。

    5、外事方面。外事集权于中央，一切西藏外事交涉权，统归驻藏大臣负责办理。西藏地方与外国行文，须以驻藏大臣为主与达赖喇嘛协商处理。廓尔喀人往见，其回文须按驻藏大臣指示缮写。边境重大事务，更要根据驻藏大臣指示处理。外藩所献贡物，给达赖喇嘛等人来文须呈驻藏大臣查阅，并代为酌定回书，交来人带回。所有噶伦不得私自向外藩通信，当外藩行文噶伦时，必须交驻藏大臣并达赖喇嘛审阅处理，不得私自回信。外国来藏商旅，必须登记、造具名册呈报驻藏大臣衙门，按其路线签发路证，并在江孜、定日两地派兵驻扎，检查路证。外人来拉萨者，须向边境宗本呈报，经沿途检查，将人数报驻藏大臣衙门批准。西藏到廓尔喀塑建佛像的人，也由驻藏大臣签发路证，限定日期返回。

    6、财税方面。由驻藏大臣设置专门机构铸造银币，统一货币成色和折算比价，不允许西藏流通邻国货币。西藏地方收支，统由驻藏大臣审核，每年春秋各上报朝廷一次。济咙、聂拉木两地抽收大米、食盐及各种物品之进口税，依原例办理。除非请示驻藏大臣同意，地方政府不得私自增加税额。地方税收、乌拉等各种差役平均负担，实有劳绩需要优待免除差税者，由达赖喇嘛并驻藏大臣协商发给免役执照。

　　《钦定藏内善后章程》是清朝中央政府总结元以来历代王朝对西藏治理的经验，为行使对西藏的完全主权而制定的一个重要的法律文献，它标志着清政府在西藏的施政达到了成熟和较完备的阶段。它的制定和实施，对于加强和发展中央与西藏地方的关系，密切祖国各民族之间的联系，巩固西南边防，防御外敌入侵，安定社会秩序，发展生产以及改善藏族人民的基本生活条件等，起到了良好的作用。