1788年发生了廓尔喀侵扰后藏的事件。历史上的尼泊尔，是指分布在加德满都谷地巴勒布人生活居住的阳市（即今加德满都）、库库穆、叶楞三部，藏语称之为巴勒布。

    1768年，本属尼泊尔部落之一的廓尔喀人，乘巴勒布本国内讧之机，吞并了巴勒布三部，并迁都阳布。后藏与廓尔喀地域紧密相连，彼此间以物易物或钱货买卖，经济关系非常密切，不过双方贸易中也不时发生一些小的摩擦和结怨。

    1788年廓尔喀以钱币兑换问题和西藏地方“商税增额、食盐揉上”为借口，出动三千人马抢占了后藏边境的济咙、聂拉木、宗喀三处。乾隆皇帝命成都将军鄂辉、四川提督成德带兵火速驰援西藏剿办，又命理藩院侍郎巴忠以御前侍卫钦差大臣的官衔赴藏办事，与鄂辉、成德会商一切善后事宜。在巴忠抵藏之前，后藏仲巴呼图克图等先与廓尔喀私下进行和议，答应向廓尔喀赔款赎地。巴忠到拉萨后，一方面与鄂辉、成德会商，让红帽活佛徽谕廓尔喀投顺，退回所占聂拉木等三处地方，并立具甘结，永不犯藏界；另一方面，他又自遣使者与廓尔喀讲和。廓尔喀在得到一纸西藏每年向其赔款300个元宝的字据后，撤出了占领的后藏地方。巴忠等人隐瞒实情，向朝廷谎报“已将聂拉木、宗喀、济咙等地方次第收复”，“奏凯班师”，为廓尔喀第二次入侵西藏留下了祸根。
   
    1790年廓尔喀派人入藏讨取“赎地”银，达赖喇嘛和噶厦拒绝支付，遣使与之谈判，要求“撤回合同”，遭到廓尔喀拒绝。事情报告到朝廷，乾隆皇帝才知道巴忠报告的功劳都是假的。鉴于西藏形势危急，清朝派策墨林活佛再次进藏担任摄政，他到拉萨后只有几个月，就在1791年3月去世。清朝命八世济咙活佛（功德林）担任摄政。
 
    1791年7月廓尔喀以西藏方面爽约为由，悍然发动了第二次侵扰西藏战争。在短短的十几天内迅速占领了聂拉木、定日、萨迦、济咙等宗。红帽活佛为报复其兄仲巴呼图克图不分六世班禅的遗产给他的私怨（红帽活佛是六世班禅和仲巴呼图克图的同母异父兄弟），竭力唆使廓尔喀兵抢劫扎什伦布寺。驻藏大臣保泰得悉事态，慌忙将七世班禅移往拉萨，幸免被俘。仲巴呼图克图携大量金银珠宝细软逃跑。其余济仲喇嘛、扎寺堪布并众僧等，在占卜师宣称“不可与贼作战”的诓骗下四下逃散，廓尔喀军洗劫了扎什伦布寺。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的八十名清军，坚守日喀则宗堡，与敌交战，保住了城堡。消息传来，清廷大为震动，巴忠自知罪责难逃，投湖自杀。乾隆皇帝决定派遣福康安为大将军，超勇公海蓝察为参赞大臣，率领满、汉、蒙、回、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等数个民族组成的一万七千余人的大军，分三路进藏讨伐。

    在西藏人民的支援下，1792年5月，清军收复全部失地，将廓尔喀军驱除。7月，清军势如破竹，长驱直入廓尔喀境内，打到距阳布二十里地方，廓尔喀派大头人前来投降，放回了被抓去的噶伦丹津班珠尔等人，交出了从前“贿和”的合同和服毒自杀（有说因病身亡）的沙玛尔巴骨殖及其妻子儿女仆人等，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物并班禅的金册等。乾隆皇帝考虑到当地节气较早，天气骤冷，若大雪封山，全体将士后果不堪设想，故指示福康安接受廓尔喀的乞降禀贴及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，还派人赴京呈进贡品多种。9月，福康安率大军自前线凯旋班师。