清朝在驱除准噶尔军以后，没有让青海蒙古首领统治西藏，而是建立了清朝对西藏的直接统治，从西藏贵族中任命几名噶伦掌政，以康济鼐为总理西藏政务的噶伦。但是掌政的噶伦之间很快就发生矛盾，1727年，噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人为争权夺利，煽起内讧，戕杀康济鼐，并派人去后藏捉拿颇罗鼐。颇罗鼐闻讯，立即意识到这是背离中央政府旨意的一次阴谋。于是在火速奏报朝廷的同时，毅然再次于后藏起兵，联合康济鼐之兄阿里总管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵数千人，向阿尔布巴等人宣战。

清帝封赐七世达赖喇嘛的金印

    双方在江孜交战半年多，颇罗鼐攻入拉萨，在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴等人，奏请清廷处置。此时清朝派遣的大军抵达拉萨，经共同审核事实，将阿尔布巴等人处斩。清廷肯定了颇罗鼐的功绩，封他为贝子，任命他为首席噶伦，后来又晋封为郡王，由他领导西藏地方的行政。

    颇罗鼐之下清朝还任命噶西巴·纳木扎勒色布腾和策仁旺杰两位噶伦，但地方大权由颇罗鼐一人总揽。为防止准噶尔军再次侵扰和西藏统治集团的内争，1728年雍正皇帝下令把七世达赖喇嘛移到四川泰宁的惠远庙居住，还命七世达赖喇嘛之父索南达结进京，封他为“辅国公”，以防止他干预藏政，这是达赖喇嘛的亲属受中央封以爵位的开始。直到1735年准噶尔部的威胁解除，雍正皇帝派副都统福寿和章嘉国师若必多吉护送达赖喇嘛返回拉萨。清朝还于1727年设立驻藏大臣，在拉萨设立了驻藏办事大臣衙门，直接监督地方政权，留驻藏清军二千人，归驻藏大臣指挥。通常驻藏大臣为两人，一为办事大臣，一为帮办大臣，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣住在西藏。另外清朝还划定了西藏和青海、四川、云南的地界，确定西藏的行政范围。