在元代，由于国家统一，西藏社会比较稳定，经济有了较大的发展，西藏的科技文化事业也成果造出，这是西藏历史上科技文化最为繁荣的时期之一。

    由于元代佛学的发展，各种译经、注疏、著述学风的形成，带动了其它诸如历算、医学、天文、艺术、文学、历史等各个学科领域学术活动的开展，并对后世的科技文化产生了不小的影响。

以八思巴与其母名义书写的金汁《甘珠尔经》

    元朝时期，萨迦地方政权也十分注重文化建设，八思巴往来于萨迦和大都之时，注意收集各种古籍和经典。与此同时，一些印度、克什米尔、尼泊尔等地的僧人前往西藏或萨迦讲经听法，也带来不少佛经典籍。八思巴每得到一种新的图书，总要命人抄写、译校，保存在萨迦。一些重要的佛经，往往还要用黄金、宝石研成粉末和汁液书写，以期长期保存。这些佛教经典都珍藏在萨迦寺内，萨迦南北两寺当时都有数量众多的藏书，仅萨迦南寺的藏经墙，保存至今的佛教典籍多达六万多函，其中还有不少旷古稀世的贝叶经文献，以其抄写精美、规格宏大而著称于世。

    在元代，西藏还编纂和缮写过好几部大藏经。最负盛名的莫过于纳塘本大藏经，和布顿及蔡巴·贡噶多吉分别编纂的《丹珠尔》和《甘珠尔》目录。它们对后世的大藏经木刻版的编篡和刊印都产生了重要的影响。雄敦多吉坚赞等人从1260年开始到1286年的二十多年中，在八思巴等萨迦派首领的支持下将古印度学者旦志所著的讲述修辞学理论的著名著作《诗镜论》译成藏文，并进行了一些修订，这在藏族文学史具有重要的意义。《诗镜论》经过藏族文人的消化吸收后，在藏族的文学中逐渐形成了一种崭新的文学创作风格流派——诗镜论流派。音乐、美术在元代时期也有了新的发展。音乐领域内的重大成果首推萨迦班智达·贡噶坚赞的名著《乐论》。

    在艺术方面也获得了巨大的成就，集建筑、雕塑和绘画三种艺术形式为一体的萨迦寺和夏鲁寺就是其中最为杰出的代表作。据考证，萨迦南寺大经堂的八思巴朝见忽必烈和密集金刚等密宗内容壁画和罗朗拉康中的呼金刚壁画残片为元代时期作品。作品精美细腻，体现出中亚和元代中原艺术影响的痕迹。萨迦守壁画中最为著名的为坛城壁画，据记载本钦·阿迦仑扎西时期，曾在大殿顶层一共绘制了639幅坛城壁画。这些壁画影响到夏鲁、纳塘、泽当和明代白居寺等寺院坛城壁画的制作。夏鲁寺在元代前后历经三次不同规模的修耷和扩建，最后定型于古相·贡噶顿珠和布顿大师时期，系元朝宫廷式艺术影响下的藏传佛教寺院建筑，吸收了内地的歇山琉璃式样和元代宫殿式结构，为典型的藏汉合璧式建筑。史学方面在元代也涌现出一批现代学者们推崇的重要历史著作。八思巴创制的蒙古新字（即八思巴宇）得到了广泛的推行和使用。

    此外元朝还用八思巴字刻版印行过《蒙古字孝经》、《大学衍义择文》、《忠经》、《蒙古字百家姓》、《蒙古字训》和蒙文译本《萨迦格言》等书籍，在当时推行政令、传播文化方面起到了重要的作用。元代在北京和杭州形成了两个藏传佛教艺术创作中心。藏传佛教艺术伴随着藏传佛教在内地的传播而被介绍到内地，主要包括佛塔、佛寺的兴建和金属、石刻造像及木刻；有许多重要文物遗留至今，如北京妙应寺白塔、居庸关云台、杭州飞来峰密教石刻等。至元年间在大都进行的藏汉文佛典对勘，则极大地推动了藏传佛教与汉地佛教的文化交流。